FTP:n suurin ongelma on se että kaikki liikenne, mukaanlukien käyttäjätunnukset ja salasanat, lähetetään sellaisenaan, siis salaamattomina.
Tähän on kuitenkin ratkaisu: netFinn palvelimilla voi käyttää SFTP protokollaa (SSH File Transfer Protocol). Tällöin kaikki liikenne on salattua.
Kaikki vanhemmat FTP ohjelmat eivät tuota protokollaa tue, mutta jos vain mahdollista on erittäin suositeltavaa käyttää sitä.
HUOM! SFTP protokollaa käytettäessä portti on 1022.